last updated 2006/04/03

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結晶構造&電子・原子核密度描画 および MEM解析プログラム

VENUS (Visualization of Electron/NUclear densities and Structures) は 泉富士夫先生が 開発された結晶構造描画プログラム VICS (VIsualization of Crystal Structure) と 電子・原子核密度描画プログラム VEND (Visualization of Electron/Nuclear Densities) および最大エントロピー法による 解析プログラム PRIMA (PRactice Iterative MEM Analyses) と パターソン法プログラム ALBA (After Le Bail Analysis) からなっています。

泉先生は Windows版を配布されていますので、 泉先生の許可を得て、Linux版を配布することにしました。

VICS : ver. 5.6.1, VEND : ver. 6.7.3

VICSおよびVENDは実行ファイルおよび必要なライブラリファイルを配布します。

以下にコンパイルした環境を簡単に記します。

コンパイルには 非商用バージョンの Intel C++ Compiler ver. 7.1 を使用しました。

VICS・VEND の実行には、 GLUI の shared library (libglui.so) および OpenGL(GLUTを含む)、GTK+-2.6.x(GLib-2.6.x,ATK-1.9.x,Pango-1.8.xを含む) がインストールされている必要があります。
(JasPerは実行ファイル中にスタティックリンクしてあります。)

VICS の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。
VEND の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。
GTK+-2.4 のライブラリファイルが必要な方は ここからダウンロードして下さい。
GLUI の ライブラリが必要な方は ここからダウンロードして下さい。

インストール方法:

  1. ダウンロードしたファイルを解凍してください。
    tar jxvf vics-5.6.1-bin.tar.bz2
    tar jxvf vend-6.7.3-bin.tar.bz2
  2. 解凍してできた VENUS ディレクトリを必要に応じて コピーして下さい。
    cp VENUS /where/you/install
  3. 環境変数 PATH が /where/you/install/VENUS/bin を含むように設定するか PATHの通っているディレクトリに bin の中にある VICS と VEND をコピーして下さい。
  4. また、環境変数 VENUS は /where/you/install/VENUS/bin/ として下さい。(最後の / が必要です。)
  5. GTK+-2.6 および GLUI のライブラリをダウンロードされた方は、環境変数 LD_LIBRARY_PATH が /where/you/install/lib を含むように設定するか LD_LIBRARY_PATH が指すディレクトリに lib の中にあるファイルをコピーして下さい。

実行方法:

  1. インストール方法で述べた環境変数が正しく設定されていれば、
    VEND
    もしくは
    VICS
    でそれぞれが起動できます。
  2. あるいは
    VEND filename.ext
    などとすることもできます。この場合、ファイルの種類は自動的に判断されます。

実行できないとき:

  1. error while loading shared libraries: xxxxxx.so.yy: cannot open shared object file: No such file or directory
    というメッセージが出て起動できないとき:
    これはメッセージの通りそのライブラリがインストールされていないか、もしくは見つけることができていません。 インストールしていない場合はライブラリをインストールして下さい。
    インストールしているのにこのメッセージが出るときは環境変数 LD_LIBRARY_PATH がそのライブラリのディレクトリを含むように 設定して下さい。
  2. segmentation fault となる場合:
    これには様々な理由が考えられるので、どのような状況かをご連絡下さればもしかするとお答えできるかもしれません。 (過剰な期待はお持ちにならないようにお願い申し上げます。)



PRIMA : ver. 3.5.6

泉先生から PRIMAのLinux版 配布についても許可を頂きました。 こちらは必要なライブラリを全てスタティックリンクしてありますのでバイナリファイルのみの配布です。 Intel FORTRAN Compiler (ifc) ver. 7.1 で コンパイルしています。

PRIMA の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。

インストール方法:

  1. ダウンロードしたファイルを解凍します。
    tar jxvf prima-3.5.6-bin.tar.bz2
    VENUS ディレクトリができますので、必要ならお望みの場所に移動して下さい。
    mv VENUS /where/you/want/
  2. 環境変数 PATH に /where/you/installed/VENUS/bin を追加するか、 VENUS/bin ディレクトリの下にある PRIMA を PATH の通っている場所にコピーして下さい。
  3. 環境変数 PRIMA を /where/you/installed/VENUS/bin/ と設定して下さい。 (最後の / が必要です。)

実行方法:

  1. 環境変数が正しく設定されていれば、
    PRIMA
    で起動することができます。あとは画面出力に従って下さい。
  2. あるいは
    PRIMA filename.prf
    とすることもできます。
VENUS/examples/PRIMA ディレクトリにサンプルがありますので、試してみて下さい。

ALBA : ver. 1.3.3

泉先生から ALBAのLinux版 配布についても許可を頂きました。 こちらも必要なライブラリを全てスタティックリンクしてありますのでバイナリファイルのみの配布です。 Intel FORTRAN Compiler (ifc) ver. 7.1 で コンパイルしています。

ALBA の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。

実行方法:

  1. ダウンロードしたファイルを解凍します。
    tar jxvf alba-1.3.3-bin.tar.bz2
    VENUS ディレクトリができますので、必要ならお望みの場所に移動して下さい。
    mv VENUS /where/you/want/
  2. 環境変数 PATH に /where/you/installed/VENUS/bin を追加するか、 VENUS/bin ディレクトリの下にある ALBA を PATH の通っている場所にコピーして下さい。
  3. 環境変数 ALBA を /where/you/installed/VENUS/bin/ と設定して下さい。 (最後の / が必要です。)
  4. これらの環境変数が正しく設定されていれば、
    ALBA
    で起動することができます。
    あるいは
    ALBA filename
    とすることもできます。
VENUS/examples/ALBA ディレクトリにサンプルがありますので、試してみて下さい。

Alchemy(ファイル変換ユーティリティ)

泉先生から AlchemyのLinux版 配布についても許可を頂きました。 こちらも必要なライブラリを全てスタティックリンクしてありますのでバイナリファイルのみの配布です。 Intel FORTRAN Compiler (ifc) ver. 7.1 で コンパイルしています。

Alchemy の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。



All-in-one Packages

VENUSに含まれる全ての実行ファイルを含むパッケージは ここからダウンロードして下さい。

VENUSに含まれる全ての実行ファイルおよびGTK+-2.4・GLUI のライブラリを含むパッケージは ここからダウンロードして下さい。



Documents

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