信州大学理学部化学科 無機化学研究室｜結晶構造＆電子・原子核密度描画 および MEM解析プログラム
■ 結晶構造＆電子・原子核密度描画 および MEM解析プログラム
VENUS (Visualization of Electron/NUclear densities and Structures) は泉富士夫先生が 開発された結晶構造描画プログラム VICS (VIsualization of Crystal Structure) と 電子・原子核密度描画プログラム VEND (Visualization of Electron/Nuclear Densities) および最大エントロピー法による 解析プログラム PRIMA (PRactice Iterative MEM Analyses) と パターソン法プログラム ALBA (After Le Bail Analysis) からなっています。
泉先生は Windows版を配布されていますので、 泉先生の許可を得て、Linux版を配布することにしました。
VICS : ver. 5.6.1, VEND : ver. 6.7.3
VICSおよびVENDは実行ファイルおよび必要なライブラリファイルを配布します。
以下にコンパイルした環境を簡単に記します。
・OS は Vine Linux 3.1 を使用しました。
・OpenGL および GLUT は 同じくVine Linux が配布しているものを使用しました。
（ Vine Linux の OpenGL は X.Org ver. 6.8.2 を使用しています。 ）
GLUT は ここにもあります。
・GLUI は ここで最新バージョンの ver. 2.2 を入手しました。
・JasPer も Vine Linux が配布しているものを使用しました。 JasPer は ここでも入手できます。
・ファイル入出力のインターフェースにはGTK+-2.6 (GLib+-2.6.6, ATK-1.9.0, Pango-1.8.2, GTK+-2.6.10)
を使用しています。
（山本昭二先生が Linux 用に作成されたファイルを利用させていただきました。）
コンパイルには 非商用バージョンの Intel C++ Compiler ver. 7.1 を使用しました。
VICS・VEND の実行には、 GLUI の shared library (libglui.so) および OpenGL(GLUTを含む)、GTK+-2.6.x(GLib-2.6.x,ATK-1.9.x,Pango-1.8.xを含む) がインストールされている必要があります。（JasPerは実行ファイル中にスタティックリンクしてあります。）
VICS の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。
VEND の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。
GTK+-2.4 のライブラリファイルが必要な方はここからダウンロードして下さい。
GLUI の ライブラリが必要な方はここからダウンロードして下さい。
インストール方法：
１．ダウンロードしたファイルを解凍してください。
tar jxvf vics-5.6.1-bin.tar.bz2
tar jxvf vend-6.7.3-bin.tar.bz2
２．解凍してできた VENUS ディレクトリを必要に応じて コピーして下さい。
cp VENUS /where/you/install
３．環境変数 PATH が /where/you/install/VENUS/bin を含むように設定するか
PATHの通っているディレクトリに bin の中にある VICS と VEND をコピーして下さい。
4．また、環境変数 VENUS は /where/you/install/VENUS/bin/ として下さい。
(最後の / が必要です。)
５．GTK+-2.6 および GLUI のライブラリをダウンロードされた方は、環境変数
LD_LIBRARY_PATH が /where/you/install/lib を含むように設定するか
LD_LIBRARY_PATH が指すディレクトリに lib の中にあるファイルをコピーして下さい。
実行方法：
１．インストール方法で述べた環境変数が正しく設定されていれば、VEND もしくは VICS で
それぞれが起動できます。
２．あるいは VEND filename.ext などとすることもできます。
この場合、ファイルの種類は自動的に判断されます。
実行できないとき：
１．error while loading shared libraries: xxxxxx.so.yy: cannot open shared object file: No such file or directoryというメッセージが出て起動できないとき:これはメッセージの通りそのライブラリがインストールされていないか、もしくは見つけることができていません。 インストールしていない場合はライブラリをインストールして下さい。インストールしているのにこのメッセージが出るときは環境変数 LD_LIBRARY_PATH がそのライブラリのディレクトリを含むように 設定して下さい。
２．segmentation fault となる場合:これには様々な理由が考えられるので、どのような状況かをご連絡下さればもしかするとお答えできるかもしれません。 （過剰な期待はお持ちにならないようにお願い申し上げます。）
PRIMA : ver. 3.5.6
泉先生から PRIMAのLinux版 配布についても許可を頂きました。 こちらは必要なライブラリを全てスタティックリンクしてありますのでバイナリファイルのみの配布です。 Intel FORTRAN Compiler (ifc) ver. 7.1 で コンパイルしています。
PRIMA の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。
インストール方法：
１．ダウンロードしたファイルを解凍します。
tar jxvf prima-3.5.6-bin.tar.bz2 VENUS
ディレクトリができますので、必要ならお望みの場所に移動して下さい。
mv VENUS /where/you/want/
２．環境変数 PATH に /where/you/installed/VENUS/bin を追加するか、
VENUS/bin ディレクトリの下にある PRIMA を PATH の通っている場所にコピーして下さい。
３．環境変数 PRIMA を /where/you/installed/VENUS/bin/ と設定して下さい。
(最後の / が必要です。)
実行方法:
１．環境変数が正しく設定されていれば、PRIMAで起動することができます。
あとは画面出力に従って下さい。
２．あるいはPRIMA filename.prf とすることもできます。
VENUS/examples/PRIMA ディレクトリにサンプルがありますので、試してみて下さい。
ALBA : ver. 1.3.3
泉先生から ALBAのLinux版 配布についても許可を頂きました。 こちらも必要なライブラリを全てスタティックリンクしてありますのでバイナリファイルのみの配布です。 Intel FORTRAN Compiler (ifc) ver. 7.1 で コンパイルしています。
ALBA の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。
実行方法：
１．ダウンロードしたファイルを解凍します。
tar jxvf alba-1.3.3-bin.tar.bz2 VENUS ディレクトリができますので、
必要ならお望みの場所に移動して下さい。
mv VENUS /where/you/want/
２．環境変数 PATH に /where/you/installed/VENUS/bin を追加するか、
VENUS/bin ディレクトリの下にある ALBA を PATH の通っている場所に
コピーして下さい。
３．環境変数 ALBA を /where/you/installed/VENUS/bin/ と設定して下さい。
(最後の / が必要です。)
４．これらの環境変数が正しく設定されていれば、ALBAで起動することができます。
あるいはALBA filename とすることもできます。
VENUS/examples/ALBA ディレクトリにサンプルがありますので、試してみて下さい。
Alchemy(ファイル変換ユーティリティ)
泉先生から AlchemyのLinux版 配布についても許可を頂きました。 こちらも必要なライブラリを全てスタティックリンクしてありますのでバイナリファイルのみの配布です。 Intel FORTRAN Compiler (ifc) ver. 7.1 で コンパイルしています。
Alchemy の実行ファイルはここからダウンロードして下さい。
All-in-one Packages
VENUSに含まれる全ての実行ファイルを含むパッケージは ここからダウンロードして下さい。
VENUSに含まれる全ての実行ファイルおよびGTK+-2.4・GLUI のライブラリを含むパッケージはここからダウンロードして下さい。
Documents
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