レポートを作りながら作業を進めていくとよいでしょう。
(「レポートについて」のページに、レポートのテンプレート(雛形; ひながた) があります。)
VESTA の使い方
うまく起動できたら、下記のような画面が表示されるはずです。
このソフトウェアVESTAを使って分子を表示していきます。
(表示はすべて英語ですが、くじけずに頑張ってください。)
分子データの読み込み
さっそく分子を表示させてみることにしましょう。
下にエタノールの座標ファイルを置きました。ダウンロードしてください。
クリックして「保存」の右側の▼を選び、適切なフォルダに保存するとよいでしょう。
(今回はデスクトップに情報科学演習というホルダーを作って保存してみます。)
保存したethanol.xyz ファイルを、VESTA(上の図中G)に Drag & Drop してみましょう。
(VESTAのメニュー(上の図中A)中の[File]-[Open…]からファイル ethanol.xyz を開いてもOKです。)
球と棒で示されたエタノール分子が表示されたでしょうか?
分子はマウス操作(上図Gで左ボタンをドラッグ(押したまま動かす))で回転させることができます。試してみてください。
- 初期設定では、平行法(Parallel; 遠くのものも小さくしない)で分子を描いているので、回転が不自然に感じるかもしれません。
上図Aの[View](視点)から[Perspective](遠近法)を選択すると、遠くの分子を小さく描き、遠近感のある描写になります。
(xyzファイルを読み込むたびに行う必要がある。)
分子の操作
動作モードは[Manipulation](上図E)で切り替えます。
問題 1 (エタノール分子のかたち)
(問題の解答は、レポートに記載してください。)
(1) エタノール分子の、C-C-O の角度は何度か (原子を選ぶ順番に注意)
(2) エタノール分子の O-H 間距離、C-H 間距離 (隣接しているもの)は何オングストロームか
有効数字は小数点以下 2 桁とする。
※注 オングストローム(Å; Aの上に丸)は長さの単位で、1 Å = 10-10 m です(1 Å = 0.1 nm = 100 pm)。国際単位(SI単位)ではないので現在は使わないことになっていますが、原子の大きさを表すのに便利 1)水素原子の直径が約 2 Å なので、このソフトウェアをはじめ、一部でまだ利用されています。
Å (オングストローム) や ° (度) は全角文字(日本語フォント)にも用意されていますが、数字に並べて使うとバランスがいまいちです。
ワードでは[挿入]-[記号と特殊文字]-[ラテン1補助]から選んで入力するか、下記の方法 2)[Åの入力] 半角入力モードで Ctrl+@(同時押し)に続けて Shift+A(同時押し)を押す。他にも例えば Ctrl+: に続けて a を押すと ä が入力できる。
または、ワードの数式エディタで A ¥above ¥circ と入力してもよい。 3)[° の入力] 半角入力モードでかつ欧文フォントが選ばれている状態で Ctrl+@につづけてスペースを押す。または数式エディタで ¥degree と入力する。 を使うと半角(欧文フォント)の Å や ° を入力できます。